Izabel, bom dia.
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Nas empresas, (estou me referindo as medias e grandes empresas), a contratação de diretor se dá atraves de ATA, onde o mesmo e designado como DIRETOR, podendo ser ou não optante pelo FGTS, onde terá uma retirada pró-labore.
Será gerado a folha de pagto e informado na SEFIP junto com os demais empregados, a empresa irá recolher a parte patronal e será descontado do Diretor a parte que cabe ao INSS, limitado ao Teto.
Da forma que você menciona não sugiro/aconselho, eles poderão acionar a justiça do trabalho posteriormente e a empresa ao invés de ter obtido lucro acaba tendo prejuizo,
Além disso, tem a parte previdenciária, (auxilio doença acidentário, aposentadoria(contribuições), etc...)
http://phmp.com.br/artigos/diretor-empregado-ou-trabalhador-autonomo/