Aline,
O correto é solicitar a CTPS dela para efetuar os registros, principalmente se já foi enviado o CAGED e a Sefip referentes ao período em que ela era funcionária.
Como você não informou o tempo decorrido entre a contratação e o pedido de demissão, vou supor que seja de poucos dias. Nesse caso é muito comum o próprio funcionário nem querer o registro para não "sujar" a CTPS. Mas volto a afirmar que o procedimento correto é efetuar o registro ainda que tenha trabalhado por poucos dias.
Se puder dar mais informações sobre o caso , talvez possamos lhe ajudar mais.
Abraços,