Cassiana,
Você verificou com a CEF se é necessário individualizar? Caso positivo então faça o seguinte:
Gere novamente o SEFIP, mas ao invés de você marcar FGTS no prazo, marque INDIVIDUALIZAÇÃO e coloque ao lado a data do efetivo pagamento da guia. Todos os dados irão normalmente como se você fosse recolher o FGTS e o INSS, apenas marque conforme informado acima.
Verifique que os valores do FGTS e do INSS a pagar estão de acordo com a SEFIP transmitida anteriormente. Transmita novamente.
Já aconteceu isso com cliente nosso pois a empresa é do RS e ele terminou pagando a GRF no Rio de Janeiro (já que estava de férias) .