No caso de empregadores MEI o procedimento é diferente. A funcionária deverá requerer o beneficio diretamente na Agencia da Previdência Social.
Lei 8213/1991
Art. 72 (...)
§ 3o O salário-maternidade devido à trabalhadora avulsa e à empregada do microempreendedor individual de que trata o art. 18-A da Lei Complementar nº 123, de 14 de dezembro de 2006, será pago diretamente pela Previdência Social. (Redação dada pela Lei nº 12.470, de 2011)
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Vide também o Ato Declaratório Executivo Codac 21/2012, que trata sobre o procedimento a se adotar na SEFIP.
Para facilitar, segue o link: normas.receita.fazenda.gov.br