Olá, bom dia!
Referente ao vale transporte como a cita Lei é para o deslocamento do funcionário ao trabalho, e como o mesmo estará em período de afastamento, o empregador não possui a obrigação de conceder este benefício.
E em questão do vale alimentação não existe previsão legal que obrigue o empregador a conceder ao empregado este benefício. Então não há necessidade de pagar este benefício se o empregado esta afastado. Entretanto, se o fornecimento deste esta disposto em convenção coletiva ou acordo deve-se consultar o sindicato da categoria e verificar se pode ou não fazer devido desconto.
Lei 7.418/85 - Art. 1º Fica instituído o vale-transporte, que o empregador, pessoa física ou jurídica, antecipará ao empregado para utilização efetiva em despesas de deslocamento residência-trabalho e vice-versa