Rosana, boa tarde.
Como que a empresa sabe que ele faltou?
...... Empregados Dispensados do Controle da Jornada
Somente estão desobrigados do controle da jornada de trabalho, nas hipóteses previstas no art. 62, I, II, parágrafo único, da CLT, quais sejam:
a) empregados que exercem atividade externa incompatível com a fixação de horário de trabalho, devendo tal condição ser anotada na ficha ou folha do livro de registro de empregados (parte de "Observações"), bem como na CTPS (parte de "Anotações Gerais");
Não há, portando, nenhuma necessidade de elaboração de documento a parte no qual se estabeleça essa condição, bastando o empregador efetuar as devidas anotações na Ficha/Livro de Registro, bem como na CTPS. Porém, caso a empresa queira elaborar tal documento, não existe proibição legal.
Quando houver obrigatoriedade de comparecimento diário à empresa pelo empregado, mesmo prestando serviço integralmente externo, ficará em seu poder, para as devidas marcações da jornada, a ficha ou a papeleta de serviço externo (exemplos: vendedores, motoristas, pracistas, etc.);
b) os gerentes, assim considerados os exercentes do cargo de gestão, aos quais se equiparam os diretores e chefes de departamento ou filial.
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Se o mesmo está dispensado do controle de jornada, não há como descontar.