Paola,
Ao transferir os colaboradores você deverá recolher todas as CTPS para fazer as devidas anotações, assim com escrito lá em cima. A Rescisão não será preciso, pois, o funcionário não perderá o vínculo trabalhista com a empresa, ou seja, irá permanecer nos mesmos moldes antes da transferência, o que muda é o CNPJ em que o colaborador estará registrado.
O Processo de transferência é separado em etapas:
1º - Fazer a transferência dos colaboradores pelo sistema de Folha para que no mês de cálculo já saia todos no Extrato;
2º - Protocolar uma PTC junto a Caixa econômica onde as Contas de FGTS irão ser unificadas.
Caso não seja feito a PTC, o seu colaborador terá uma conta em cada empresa. Valor X na Matriz e Valor Y na Filial, com PTC feita, o Valor X da Matriz e o Valor Y da Filial se tornarão um só.
E durante os próximos meses os passos como: CAGED; RAIS; FGTS - Serão "automáticos", pois fazendo ou não a transferência você terá de entregar essas declarações, sendo mensalmente o CAGED e FGTS, e anualmente a RAIS.