Bom dia Karin,
A base de cálculo do FGTS no mês da rescisão, são as verbas de natureza salarial (salário proporcional, horas extras, comissões etc), subtraindo da base da cálculo eventuais faltas e o DSR sobre as mesmas. Também há FGTS sobre o 13º salário pago na rescisão, sobre o aviso indenizado e o 13º indenizado.
Vale conferir no seu sistema, se no momento do cálculo da rescisão, tenha marcado uma opção do tipo "calcular FGTS do mês anterior na rescisão". Essa opção é comum em rescisões no inicio do mês. FGTS do mês de maio, pago junto com o FGTS da rescisão em junho, pois a rescisão pode acontecer antes do pagamento do FGTS regular, entre os dias 01 a 06 do mês. Assim o empregado saca mais rapidamente o FGTS...
Se isso acontecer, você vai reparar que a guia de FGTS do mês anterior da rescisão é menor, pois o empreado apenas participa da informação da GFIP, o recolhimento é separado na GRRF.
A prova real disso é o demonstrativo do empregado, gerado pelo aplicativo da GRRF, onde consta as bases de FGTS: mês anterior, mês da rescisão e mês indenizado.
Espero ter ajudado...