Ahh tá, entendi.
Bom, dependendo do seu sistema de folha, você consegue um relatório de médias. Ou seja, ele irá somar os valores referente as Horas Extras 50% ou 100%, Adicionais e será dividido ou por 12 meses ou por 6, vai depender se tem algo na CCT a respeito.
Seria mais ou menos assim, exemplo:
Competência 05/2017 - R$ 50,00 de Horas Extras 50%
Competência 04/2017 - R$ 40,00 de Horas Extras 50%
Competência 03/2017 - R$ 65,00 de Horas Extras 50%
Competência 02/2017 - R$ 70,00 de Horas Extras 50%
Competência 01/2017 - R$ 80,00 de Horas Extras 50%
Competência 12/2016 - R$ 25,00 de Horas Extras 50%
Você somará todos os valores, que no exemplo dá o resultado de R$ 330,00.
R$ 330,00 / 6 = R$ 55,00 (Neste caso seria a média dividida por 6 meses)
R$ 330,00 / 12 = 27,50 (E neste sendo dividida por 12 meses)
Na folha então a funcionária receberia o salário + o valor da média.