Marlene bom dia, na minha opinião você pode retificar todas as SEFIPs informando que a funcionária estava afastada por licença maternidade.
E compensar a partir da competência atual, já que ele fez os recolhimentos dos impostos.
O item 2.16 - do Manual Sefip 8.4 vai te ajudar nessa questão e segue abaixo, mas consulta o Manual que está mais completo e com exemplos.
2.16 - COMPENSAÇÃO
Informar o valor corrigido a compensar, efetivamente abatido em documento de arrecadação da Previdência – GPS, na correspondente competência da GFIP/SEFIP gerada, na hipótese de pagamento ou recolhimento indevido à Previdência, bem como eventuais valores decorrentes da retenção sobre nota fiscal/fatura (Lei n° 9.711/98) não compensados na competência em que ocorreu a retenção e valores de salário-família e salário-maternidade não deduzidos em época própria, obedecido ao disposto na Instrução Normativa que dispõe sobre normas gerais de tributação previdenciária e de arrecadação das contribuições sociais administradas pela RFB.
Informar também o período (competência inicial e competência final) em que foi efetuado o pagamento ou recolhimento indevido, em que ocorreu a retenção sobre nota fiscal/fatura não compensada em época própria ou em que não foram deduzidos o salário-família ou salário-maternidade.
A GFIP/SEFIP da competência em que ocorreu o recolhimento indevido, ou em que não foram informados o salário-família, salário-maternidade ou retenção sobre nota fiscal/fatura deve ser retificada, com a entrega de nova GFIP/SEFIP, exceto nas compensações de valores:
a) relativos a competências anteriores a janeiro de 1999;
b) declarados corretamente na GFIP/SEFIP, porém recolhidos a maior em documento de arrecadação da Previdência - GPS;
c) decorrentes da retenção sobre nota fiscal/fatura (Lei nº 9.711/98), salário-família ou salário maternidade não abatidos na competência própria, embora corretamente informados na GFIP/SEFIP da competência a que se referem.
Em geral, a compensação não deve ser superior a trinta por cento do valor das contribuições devidas à Previdência Social (não inclui outras entidades e fundos), sendo este percentual calculado antes da dedução do valor relativo ao salário-família e ao salário-maternidade e antes da compensação dos valores de retenção sobre nota fiscal/fatura da competência (Lei n° 9.711/98).
No entanto, não estão sujeitas ao limite de trinta por cento as compensações relativas a:
• salário-família ou salário-maternidade não deduzidos em época própria;
• saldo de retenção sobre nota fiscal/fatura de competências anteriores;
• saldo de retenção sobre nota fiscal/fatura, referente a obra de construção civil executada por empreitada total, com as contribuições do estabelecimento responsável pelo faturamento da obra;
• situações amparadas por liminar ou decisão judicial favorável à compensação acima do limite.
No momento do fechamento, o SEFIP calcula o limite de trinta por cento e, sendo o valor da compensação informado superior ao limite, é aberta uma tela para a confirmação ou não do valor informado.