Jéssica, não tenho um embasamento legal e prático para a minha afirmação, mas creio que, independente de aquela época não ser utilizada a SEFIP para recolhimento do FGTS, conforme você menciona, hoje é.
Portanto, sugiro que realize a importação do arquivo da folha referente a esse período que precisa realizar o recolhimento de 2004 no programa da SEFIP e verifique se os valores estão de acordo. Se estiverem, creio que esteja tudo ok e dai é só gerar a guia e realizar o recolhimento.
Caso queira, creio que a melhor maneira seja pegar uma orientação junto a própria CEF.
"Nas horas difíceis, jamais baixe a cabeça, porque a solução para o problema não está no chão, mas sim na sua determinação."