Silva, boa tarde.
Dei uma procurada, mas infelizmente também não encontrei uma legislação que embase esta situação.
Porém, creio que seja mais um problema de lógica matemática do que legislação trabalhista.
Por exemplo, claro que você tem esse conhecimento, mas só para ilustrar meu argumento:
Se um funcionário trabalha 30m de hora extra, ele então trabalhou "1/2" hora extra, ou, 50% de uma hora extra inteira.
Logo, ele não pode receber 30% da hora, mas sim, 50%, pois, com base no raciocínio a cima, se, por exemplo, a hora extra é R$ 10,00, 30% seria R$ 3,00, porém, por lógica, ele tem que receber a metade dos R$ 10,00, já que trabalhou metade de uma hora inteira, logo, 50%...R$ 5,00.
Por lógica matemática, caso você não faço essa conversão, ficará em débito para com este funcionário, o que pode ser motivo de uma futura ação trabalhista.