Olá, Susana.
Eu também tive essa ingrata surpresa, quando dei entrada no seguro desemprego no final de 2015. Recorri administrativamente no próprio MTE, mas perdi, mesmo tendo apresentado a baixa do MEI. A servidora que me atendeu foi bem enfática em dizer que eu era empresário e não tinha direito a receber. Não adiantaria nem recorrer ao judiciário.
Como sou brasileiro, e não desisto nunca, comecei a pesquisar a respeito e vi que isso, a negação do seguro desemprego, estava se tornando recorrente, pelo que eles chamam de percepção de renda, por ter um CNPJ atrelado ao CPF.
Em um dos Fóruns que pesquisei encontrei uma postagem que falava de vias judiciais para conseguir receber o seguro desemprego, que é um direito adquirido pela contribuição ao INSS.
O problema foi tão grande que já existe uma proposta de lei tratando essa situação: www2.camara.leg.br
Dei entrada, ganhei em 1ª instancia e eles recorreram. Hoje (13/04/2018) tomei ciência do resultado do julgamento em 2ª instancia, que ocorreu no dia 10/04/2018. O recurso foi improvido e a sentença de 1ª instância mantida. Eles têm que me pagar o seguro desemprego.
Se ainda estiver no prazo de dar entrada nas vias judiciais faça, pois pode demorar, mas é seu direito e você receberá.