Juliana, boa tarde.
Sim, erro acontece e precisa ser corrigido, certo..
Primeiro, você deve recalcular e deduzir o valor que foi pago, mês a mês.
Depois, convocar o empregado e explicar a ele o que aconteceu e o calculo.
Depois, explicar a ele que a empresa pretende e esta propondo que essa diferença seja descontada em xx parcela. (para que ele não saia prejudicado).
Se ele concordar, tudo bem, assina essa declaração e menciona de proprio punho que concorda com a quantidade de parcelas e o valor.(lembrando que esse valor não pode ser corrigido).
Nas folhas de pagto, você irá criar uma verba de desconto, onde essa (verba) será tributada para INSS/FGTS/I.RENDA, assim quando gerar a folha de pagto, esse valor será descontada do holerith e também será abatida na base de calculos do INSS/FGTS/I.Renda, ok.
Vou te dar um exemplo
Vencimentos
Salario = 1.500,00
Bruto = 1.500,00
Descontos
1/3 Pagto indevido = 50,00
INSS = (1.500,00 - 50,00) x 8% = 116,00
Liquido = 1.334,00
Base P/Inss = 1.450,00
Base p/FGTS = 1.450,00
Base p/I.Renda = 1.450,00
No exemplo acima, ao invés da base ser 1.500,00 passou a ser 1.450,00, e por isso que essa verba no qual chamei com Pgto Indevido precisa ser tributavel e também com verba de desconto.
Caso tenha alguma dificuldade em criar essa verba, precisa entrar em contato com o suporte da folha ou a empresa que vendeu o programa, ok...
Assim, a empresa irá recolher o INSS/FGTS com a dedução., ok..
Esse 1/3 Pagto Indevido = 1 parcela das 3, (conforme o combinado com o empregado).