Gabriely, bom dia.
E muito mais fácil se inscrever na PAT, sugiro também que ao invés de fornecer em dinheiro, regularize a situação entre em contato com uma operadora de ticket, tais como Ticket Restaurante, Sodexo, e tantas outras.
Com relação a sua pergunta,
1 -O correto é colocar no holerite, criar um evento com nome de Vale Refeição, colocar o valor e tem incidência de FGTS e GPS ?
R - Sendo inscrito na PAT, não precisa lançar em folha, caso contrário em uma possível fiscalização, a mesma poderá solicitar que seja recolhido o INSS, FGTS, I.Renda, além da multa.
2 - Mais depois de um ano não caracteriza como salário, funcionário tem direito adquirido sobre aquele valor, mais é valores proporcionais nunca da o mesmo valor.
R - Sim, mesmo sendo menos de um ano, não há prazo, isso porque será caracterizado como salario, e ninguém quer que o salario seja reduzido, correto.
Gabriely, faça a inscrição na PAT, converse com o contador, e simples e fácil.
Entre em contato com uma das operadoras e eles irão te orientar e conforme a operadora farão a própria inscrição para você.
Segue links das operadoras, além disso o empregado ficará satisfeito, e a empresa poderá abater no seu imposto de renda pessoa juridica,
http://trabalho.gov.br/pat
(inscrição e a legislação)
http://www.guiatrabalhista.com.br/guia/pat_deducao.htm
(dedução no imposto de renda pessoa juridica)
http://www.ticket.com.br/fale-conosco/
(entre em contato com eles, irão te ajudar)
ok.