Jeisiane, bom dia.
Existe procedimento, tem que informar na SEFIP, na maioria dos programas de folha existe campo especifico, isso porque também irá gerar o Informe de Rendimento no final/começo do ano.
Caso o seu programa de folha não tem esse "módulo" consulte o suporte da folha ou a empresa que vendeu o programa, esse MODULO e muito importante, no meu consta como AUTONOMO.
Ele irá gerar uma folha normal (rpa), e quando importar para a SEFIP, automaticamente irá o calculo, e além disso quando for gerar a DIRF, também irá automaticamente.
Menciono Informe de Rendimento, porque o trabalhador autonomo poderá no inicio do ano solicitar o informe de rendimento, e se a empresa não enviou os dados para a receita federal, a empresa PODERÁ ter problema junto a r.federal, principalmente quando tem retenção de imposto de renda.
ok..