Tamara, bom dia.
A maioria dos programas de folhas de pagto principalmente de pequenas empresas, calculam direto sobre o salario atual, o que precisa fazer a correção manual, já as médias e grandes empresas possuem essa formula/parâmetro.
Sugiro a voce, se for poucos empregados, que faça a manutenção manual, isso porque a grande maioria das empresas que dão suporte na folha de pagto, cobram para criar esse tipo de trabalho.
Tamara, com relação a sua pergunta, vamos supor que a divulgação do dissidio tenha ocorrido dentro do esperado, então a empresa aplicou o percentual do dissidio e depois de algun(s) mes(es) resolveu conceder aumento salarial ao empregado "x", então será aplicado o percentual sobre o salario atual, no qual já foi corrigido pelo novo/atual dissidio,ok..
E importante também checar a cct com relação ao percentual mínimo para aumento em virtude de promoção/merito, isso porque algumas empresas concede com valor fixo, onde o empregado pode ser prejudicado, exemplo
Supondo que o salario antes da promoção seja de R$ 2.000,00 e a empresa concedeu valor fixo para R$ 2.100,00, uma correção de 5%, mas a convenção coletiva menciona(exemplo) mínimo de 10%, então esse iria(á) para R$ 2.200,00, veja então a diferença.
O sindicato, na sua maioria, vendo isso criou essa clausula, assegurando ao trabalhor um percentual mínimo, ok..