Thiago,
Você pode solicitar um relatório de inconsistências cadastrais e um relatório para fins rescisórios na parte do empregador no Conectividade Social, que chegarão em sua Caixa Postal no dia seguinte. Nesses relatórios você conseguirá confirmar se realmente estes valores foram depositados no PIS errado.
Se for isso mesmo, você consegue fazer uma RDT online para a correção do PIS incorreto. Você deve entrar na parte do empregador no Conectividade Social, acessar a opção de RDT, buscar o empregado pelo número do PIS incorreto, e fazer a alteração para o correto. Após isso, você vai perceber que passará a ter 2 contas com números distintos para o PIS correto do empregado.
Será necessário então fazer outra RDT, protocolada presencialmente na Caixa, através de requerimento padrão, solicitando a unificação das contas. Nos campos do item 2, você vai informar os dados corretos do empregado, com o código do trabalhador sendo o número da conta que está sendo depositado atualmente o FGTS. No item 6, você vai informar os códigos das 2 contas a serem unificadas: primeiro o código da conta atual (o mesmo utilizado no item 2) e depois o código da conta que está apenas com os depósitos de 2016. Levando na Caixa, dependendo do atendente, pode ser que seja feito na hora, ou, caso ele apenas protocole, o prazo seria de até 7 dias úteis para processamento da solicitação.
Para o INSS, caso os 2 números de PIS estejam em nome do empregado, não há necessidade de retificar a GFIP. Atualmente o INSS já vincula todos os recolhimentos previdenciários ao cadastro do beneficiário.
Entretanto, caso o PIS que você usou em 2016 não exista ou esteja em nome de outra pessoa, será necessário retificar todas as GFIP do período em que esse PIS foi utilizado, informando todos os empregados na modalidade 9.