SEFIP informado no CEI e não no CNPJ

Boa tarde meus caros, a SEFIP foi informada no CEI por vários meses ao invés de ser informada no CNPJ. .
na verdade o CEI deveria ir zerado e o CNPJ com recolhimentos, e agora aparecem várias divergências de SEFIP e Ausência de recolhimentos, como devo proceder neste caso? agradecido desde já pela ajuda.