Beatriz, boa tarde.
A legislação menciona que se o empregado(a) apresentar um novo atestado dentro de 60 dias após o retorno ao trabalho a empresa não é obrigada a pagar novamente os 15 primeiros dias.
No seu caso o segundo atestado e de responsabilidade do INSS.
30 dias a partir do dia 05/09, terminou no dia 04/10, e como a pericia foi no dia 02 de Outubro e foi concedido até o dia 02/12, então ficará todos esses dias afastado.
Na folha de setembro ela terá direito a 04 dias
Na folha de Outubro, Novembro ficará afastada.
Na folha de Dezembro, antes do retorno ao trabalho, deverá passar pelo médico do trabalho, para verificar se está apta ou não ao retorno.
Se positivo, então ela terá direito a 29 dias.
Beatriz, com relação a sua pergunta, precisa lançar no afastamento dela o código P2 para que seja corretamente na SEFIP.
Com relação a folha de pagto,precisa verificar junto ao seu suporte de folha como proceder, explicando que ela não tem direito ao 15 primeiros dias, menciono isso porque depende de que forma irá lançar. No meu sistema, por exemplo, já e automatico quando lanço o código p2, informando a data do novo afastamento, ou seja, vamos supor
a) primeiro atestado de 15 dias = 02.09.2018 à 16.09.2018
b) segundo atestado de 30 dias = 10.10.2018 à 08.11.2018
Lançando o código P2, o sistema automaticamente pagará somente 09 dias de Outubro, onde NÃO pagará os 15 dias de direito,isso porque está dentro dos sessenta dias do atestado anterior, ok..