Adrielle Lima, boa tarde.
Primeiramente, antes de analisar qualquer situação, você tem que analisar o que a legislação determina em relação a tal situação.
O seu tema encontra-se no Artigo 71 da CLT, o qual transcrevo a baixo:
Art. 71 – Em qualquer trabalho contínuo, cuja duração exceda de 6 (seis) horas, é obrigatória a concessão de um intervalo para repouso ou alimentação, o qual será, no mínimo, de 1 (uma) hora e, salvo acordo escrito ou contrato coletivo em contrário, não poderá exceder de 2 (duas) horas.
§ 1º – Não excedendo de 6 (seis) horas o trabalho, será, entretanto, obrigatório um intervalo de 15 (quinze) minutos quando a duração ultrapassar 4 (quatro) horas.
Sua situação se encaixa no § 1º e com base nele vemos que ela é legal. Porém, cabe salientar que, qualquer minuto que passar das 6h trabalhadas (3h+3h), deverá ser remunerada como hora extras, devido a carga horária escolhida pela empresa.