Adriana, pelo que entendi a empresa está aplicando a convenção coletiva do sindicato errado, certo?
Se é isso, então ela tem que corrigir o erro, devendo proceder da seguinte forma
a) Verificar desde quando isso está ocorrendo;
b) Recalcular o(s) dissidio(s) aplicado, verificando se tem diferença
c) caso tenha, então corrigir as folhas e retificar a(s) sefip(s) , recolhendo os atrasados
d) comunicar por escrito aos empregados a alteração e o motivo
Algumas empresas quando acontece isso, esquece o passado e começa, vamos assim dizer, uma vida nova, mas o risco de uma possivel denuncia/fiscalização pode acontecer, e a empresa precisa ficar preparada.
Logicamente que o sindicato no qual a empresa estava aplicando irá questionar.
O importante e acertar o mais rápido possível para que isso não se torne uma "bola de neve"
Adriana, eu particularmente, não mexeria no passado, mas deixaria tudo pronto e calculado caso a empresa queira corrigir o erro, desde o passado.
A mão de obra nesse sentido e grande, isso porque terá (caso haja diferença)
a) Refazer as folhas
b) Retificar as Sefip
c) recolher o INSS/FGTS/com os encargos
d) Retificar a DIRF
e) Retificar a RAIS
f) Pagar as diferenças no caso dos demitidos, ou seja, rescisão complementar
E por isso que não mexeria no passado. (minha opinião), ok.
Lembrando que tudo que mencionei e se tiver diferença, ok..