Sefip Tomadores x Prestador de serviço

Bom Dia

Tenho uma dúvida, nós somos um sindicato de carga e descarga, temos alguns tomadores de serviço, nenhum deles são simples nacional.
Os nossos funcionários celetistas estão alocados nos departamentos de cada respectiva empresa.
Ao exportar a sefip do meu sistema ela não está compreendendo as alíquotas da empresa e somente as alíquotas do sindicato... preciso saber se tem algo errado... se isso tem algo haver com o fato de não serem simples nacional.