auxilio doenca

boa tarde,estou em uma duvida,um funcionario  se afastou no dia 22/10/2018  e retornou dia 02/01/2019,comecou a faltar direto,e em fevereiro pegou um atestado de 15 dias,a empresa paga esse 15 dias ou é direto para o inss, quem deve pagar esses 15 dias a empresa ou o inss

Boa Tarde, esses 15 dias são da empresa. Os dias que ele faltou são descontados como falta.
Apos os 15 dias de atestado, se encaminha o empregado ao Inss, e apos os 15 dias de atestado quem paga e o INSS.
Att, Endriw

boa tarde, durante os primeiros quinze dias consecutivos, ou não, de afastamento da atividade por motivo de doença ou acidente, incumbe à empresa pagar ao segurado empregado o seu salário, a partir do 16 dia quem paga o auxílio-doença é o INSS.  Se concedido novo benefício de igual espécie, decorrente da mesma doença dentro de 60 dias contados da cessação do benefício anterior, a empresa fica desobrigada do pagamento relativo aos quinze primeiros dias de afastamento, prorrogando-se o benefício anterior e descontando-se os dias trabalhados, se for o caso.

Jose, bom dia.
Pelo seu relato, esse novo atestado está dentro dos 60 dias, então não cabe a empresa pagar os 15 dias, cabendo ao INSS, na maioria das vezes se refere a mesma doença ou correlata.
Antes, esse empregado deve passar pelo médico do trabalho, para que esse possa avaliar e posicionar a empresa, ok..

Boa tarde, uma funcionária foi afastada da empresa por auxílio doença a partir do dia 18/12/2019, tendo último dia trabalhado 17/12/2019, sendo que a situação (auxílio doença) não foi lançada no programa da folha de pagamento e a folha de 12/2019 já foi gerada e o empregador efetuou o pagamento das guias (FGTS e INSS) . Terei que informar os dados em dezembro no sistema e enviar a folha novamente do mês de 12/2019, mas e as guias que já foram pagas? 

Jacqueline, bom dia.
Se o ultimo dia de trabalho foi 17.12, e como a empresa tem que pagar os 15 primeiros dias, então terminou no dia 01.01.2020, nesse caso não há necessidade de refazer a folha de Dezembro, somente lançado o ultimo dia de afastamento para que na folha de Janeiro o sistema pagará 01 dia.
Agora se o sistema não permite, então terá que gerar novamente a SEFIP, para que o sistema possa acolher o afastamento da mesma, ok...