Bom Dia Daiane.
A transferência deve ser anotada na CTPS do colaborador, a filial deve fazer o registro do colaborador identificando que se trata de transferência.
É necessário pontuar isso no CAGED, na RAIS (futura) e na GFIP.
A matriz de onde o colaborador está se "desligando" vai preencher as informações de que o colaborador se afastou em virtude de transferência e a filial onde o colaborador está sendo "admitido" deverá preencher todas as informações pertinentes à transferência.
Lembrando que quando há transferência assim, a empresa receptora assume os reflexos de todo o período.