Sonia,
Quanto a homologação em atraso, se você pagou a rescisão em atraso, consequentemente a homologação também será feita com atraso. O Sindicato não realiza a homologação sem a comprovação da quitação, a não ser se for para fechar acordo com o funcionário com instruções do Sindicato.
Daí no meu entender não vejo penalidade, pois a empresa já estará sendo penalizada com o pagto de um salário do ex-funcionário por conta do atraso na quitação das verbas rescisórias.
Entretanto, veja o acordo coletivo para ver se diz algo diferente.
Atenciosamente,
Nilce