Ronaldo, bom dia.
Primeiro a empresa está totalmente errada, imagina se acontecesse um acidente,
a) empresa (responsável pelo empregado) irá responder na esfera trabalhista, civil e previdenciária
b) O INSS irá cobrar da empresa todas as despesas, caso o mesmo ingresse com auxilio doença
c) Seguro de vida, caso a empresa possua, não irá indenizar
d) a familia poderá ingressar na justiça por danos morais
e) se falecer, então as coisas complicam mais ainda, PODENDO o chefe imediato ser condenado a prisão
Então o rh deve orientar e "barrar", cabendo ao chefe imediato , advertência, e até suspensão, afinal ele que autorizou.
Agora com relação a sua pergunta, o sistema calculou normalmente como qualquer outra férias, . se o empregado questionar na justiça, essa (já presenciei caso assim), onde a empresa teve que pagar como HORA EXTRA DE NO MÍNIMO 100% os dias que o empregado trabalhou em suas férias, e além disso a empresa foi multada, olha foi um sufoco.