Tolerância de Atraso e Saída e Batidas Ilimitadas

Olá pessoal boa tarde!

Sou analista de sistemas e gostaria de um auxilio e orientação. Pela portaria 1510 e depois a 373 fala que não podemos restringir as marcações de ponto, logo por meio de um aplicativo ou até mesmo na catraca um colaborador poderia registrar mais do que a entrada e saida e almoço/jantar correto?
Além disso eu tenho a questão da tolerância na qual a CLT trata no Art. 58º aonde não serão computadas nem como atraso nem tão como horas extras as batidas que estiverem dentro de cinco minutos e nem que no total geral não ultrapassem 10 minutos.

O meu entendimento foi por exemplo em uma jornada de 08:00 - 12:00 - 13:00 - 18:00

o se o funcionário registrar até 08:05 está dentro da tolerância se passar disso 08:06 em diante ele já é descontado porque excedeu os cinco minutos na batida correto? mas se no fim do dia mesmo em cada batida ele estiver dentro de todas as tolerâncias mas exceder 10 minutos ele será descontado por exemplo

08:05 - 12:03 - 13:04 - 17:55
Neste caso eu tenho duas dúvidas. 1° há tolerância para sair pro almoço? porque de 12:03 a 13:03 ele tirou 1 h. Minha segunda dúvida ele teria 17 minutos de atraso? 

Agora a minha pior dúvida: Lembra do começo do post em que eu disse que a CLT diz que as marcações são ilimitadas não pode haver restrição; então num cenário assim em que o funcionário vá ao médico e retorne e tenha mais de 4 marcações, como deveria proceder?

Ex:

08:01 - 09:40 - 11:40 - 12:03 - 13:04 - 18:03
aonde as batidas 09:40 e 11:40 seriam depois abonadas por alguém competente por meio de declaração médica, como controlar tolerância para esse tipo de situação em que o sistema de ponto é em um aplicativo e existe uma configuração de tolerância. Como isso deveria ser feito? 

Boa Tarde Marcelle.

O limite de 10 minutos de tolerância é diário.
Vamos supor que o colaborador registre o ponto conforme seu exemplo:
08:05 - 12:03 - 13:04 - 17:55
Ele teria desconto de 11 min, pois entrou 5 min mais tarde, ultrapassou 1 min do horário de almoço e saiu 5 min mais cedo.

No caso do exemplo da consulta médica, as horas do atestado médico seriam abonadas e a tolerância seria aplicada sobre as demais entradas e saídas do dia.

Sempre pense que são 10 min no dia.
Se o colaborador, por exemplo, entrar 8:09, tirar 1h de almoço e sair 18:05, ele estará dentro do limite e não terá desconto.

Oi Carolina, 

primeiramente muito obrigada por interagir no post. Eu pesquisei muito sobre o tema durante uma semana e percebi que há muitas variações. Que tem empresas que; passados já os 5 minutos por batida já descontam.
Então por exemplo 

08:09 - 12:00 -13:00 - 18:00 ele não teria ultrapassado o limite diário orientado pela CLT que é de 10 minutos mas ultrapassou a tolerância da batida que seria 5 minutos, portanto seria descontado em 09 minutos da sua hora.

agora nesse exemplo 

08:05 - 12:00 - 13:05 - 17:55 (5 atraso na entrada + 5 a mais de almoço + 5 a menos na saída) nesse contexto ele teria um totalizado de 15 minutos, então mesmo estando 5 minutos na tolerância em cada batida ele teria desconto de 15 minutos na sua hora.

Bem foi isso que eu li em vários sites e fóruns como a JusBrasil, inclusive um advogado trabalhista me orientou dessa forma. Todavia o que vejo aqui são variações que devem ser de acordo com sindicato né? Tem empresas que descontam do diário e outras já da tolerância da batida.

Agora sobre o caso do médico acho que vc me deu luz é que posso verificar as tolerancias quando a folha for fechada, isto é, quando eu já tiver os abonos e fechar a folha. ;)

Agora o que vc acha de uma empresa poder configurar em um sistema se quer descontar ao ultrapassar a tolerancia da batida ou da diária?

É Marcelle,

De fato essa questão da tolerância fica na base do entendimento da empresa mesmo.
Nas empresas por onde passei, utilizava sempre o limite diário.
Mas de fato, fica a critério da empresa, principalmente se você já teve orientação trabalhista a respeito.