O correto é pagar em ambos os turnos, não existe diferença entre manhã ou noite.
Agora precisa entender qual foi o acordo que foi realizado entre você e o empregador.
Por exemplo: É apenas 1 contrato para trabalhar manhã e a noite? ou são dois contratos para trabalhar de manhã e outro a noite?
Como funciona: A empresa contrata o funcionario, verifica o quanto ele vai precisa de vale-transporte.. no mês ele precisa de R$ 300 de transporte, faz a carga no cartão, após isso a legislação permite que seja descontado até 6% sob o salário.
Esse é o procedimento correto, porém sem saber como é seu contrato fica dificil entender..
Oriento que procure o sindicato ou Ministério do Trabalho da sua cidade;.