Oi, então. é um caso bem delicado, e que requer duas coisas: 1° - Bom, senso, 2° bom senso.
O caso é que, de fato , quanto temos carga superior a 4 horas, é preciso dar intervalo, mas pela lei, entende-se como carga horário o tempo EFETIVAMENTE a disposição da empresa. então, se teras 15 minutos de intervalo, o correto é que estes 15 minutos não sejam computado, inclusive, recomenda-se bater o ponto na saida e retorno dos 15 minutos ( vide empresas de telemarketing, ou vendas e etc )..
um exemplo do ponto neste caso ( só exemplo genérico ) :
entrada saida pausa, retorno pausa saida almoço retorno almoço saida pausa retorno pausa saida
08:00 09:15 10:00 1300 1400 1600 1615 1800
MAs, o ideal é a empresa poder controlar isso, esta pausa e não ser prejudicada ou algo semelhante. mas, não é obrigatório a pausa em casos de 44 semanais.