olá Gabriela tudo bem?
nesse situação faça o seguinte...
1) some o valor dos 02 extratos p/ fins rescisórios das empresas (da antiga e da empresa nova) do funcionário/colaborador;
2) lance o valor somado do fgts rescisório na rescisão da nova empresa, assim vc irá gerar a multa GRRF no valor correto (valor combinado dos 02 fgts);
3) gere 02 chaves de liberação do FGTS (na empresa antiga e na nova) com a mesma data da rescisão.
4) o funcionário tendo uma conta no app do fgts e possuindo CAIXA TEM, poderá sacar os 02 FGTS (da empresa antiga e da nova) sem ter que comparecer á caixa (ou seja sem precisar apresentar a rescisão da empresa antiga na agencia)
5) depois que o processo do PTC for concluído, como a multa será pagar no valor correto (sem impacto na CND do fgts) e o empregado ja teve o fgts liberado, ele irá migrar junto com os outros para o novo CNPJ da empresa recebedora, ou a caixa nem vai transferi-lo pois talvez ele ja terá sacado o FGTS. (que é o mais importante).
obs: para o PTC ser efetivado, as 02 empresas não podem ter NENHUM fgts em aberto, creio que por isso o seu PTC ainda não foi finalizado
depois vc nos retorna se deu tudo certo.