Empréstimos em um modelo de Cooperativa

Sou um Assistente e trabalho em uma cooperativa, onde os cooperados não são amparados pela CTPS.
O atual contador deixou de exercer as suas funções e a empresa está em busca de outro.
Na Folha de Pagamento, algumas pessoas tem um empréstimo (Cooperativa-Funcionário), todavia o PRESIDENTE solicitou a mim que esses descontos fossem apagados da Folha, assim que entrasse o novo contador. A justificativa foi de que eles estavam pagando apenas os juros, pois o que foi emprestado já havia sido pago.
Faz sentido? Eu posso apagar esses descontos da Folha? Posso ser processado por causa dessa ação?
Sou inexperiente na área, por isso agradeço a ajuda de todos!

Seria bom vc entrar em contato com o banco que fez o empréstimo e ver o que foi acordado... se realmente tudo já foi pago e estão pagando os juros, seria bom ter um advogado para ter algum tipo de termo dizendo que a empresa está ciente que não vai descontar os juros e multas... enfim...ou algo desse tipo... procure um advogado pra te ajudar..... não assine nada..... :)
espero ter ajudado