Prezada Patricia,
Os cálculos do IRRF sobre férias indenizadas não existe, se você fizer o desconto e o funcionário solicitar o reembolso junta a RFB, você junto com a empresa terá problemas, por que está fazendo da forma errada, como havia falado a base legal disso é a solução de divergência 01/2009, perdoe-me quem ainda faz o desconto do IRRF sobre férias, mas é indevido, contudo as férias gozadas, que são aquelas que o funcionário ainda está na empresa e goza as férias e volta sem demissão, essa sim é devido o desconto, quanto ao 13º salário e as demais verbas ai sim vc faz o desconto do IRRF, porém, um cálculo para cada verba.
Ex:
13º salário R$ 2.000,00
Inss s/ 13º R$ 220,00
Base de Cálculo R$ 1.780,00
IRRF R$ 133,50
Dedução IR R$ 117,49
IR a descontar R$ 16,01
Obs: não considerando a dedução por dependente, caso haja dependente você faz a dedução logo após a dedução do INSS.
Para o salário você faz a mesma coisa, cálculos em separado. Mesmo caso para o funcionário na ativa, os cálculos são independentes, base legal: RIR.
Espero ter ajudado.