Caraca Horária

Boa noite!!!

Comecei em uma nova empresa a 3 meses, na admissão quando assinei os  documentos, assinei a seguinte carga horária:

Segunda de 00:00 as 00:00 h, com 00:00 para refeição 
Terça       de 16:00 as 23:00 h, com 01:00 para refeição
Quarta    de 16:00 as 23:00 h, com 01:00 para refeição
Quinta     de 16:00 as 23:00 h, com 01:00 para refeição 
Sexta       de 15:00 as 23:00 h, com 01:00 para refeição
Sábado    de 15:00 as 23:00 h, com 01:00 para refeição
Domingo de 16:00 as 23:00 h, com 01:00 para refeição.
Perfazendo o total de 44 horas semanais  
Mesmo no final estar indicado que seriam 44 horas, na verdade dão 38 horas.

Pois bem, todas as horas extras positivas e negativas foram calculadas em cima das 38 horas.

Na semana passada foi constatado o erro e meu patrão quer adequar os horários e refazer os cálculos.
 Então eu vou acabar devendo mais horas e as horas que tenho pra receber cairão bastante.

É correto fazer essa adequação retroativa?