Olá
Já passei por essa situação. Há duas maneiras disso acontecer, duas inscrições ou dois PIS.
Primeiro elimine a hipótese das duas inscrições. Verifique se o CNPJ/CEI que está no seu sistema é o mesmo das RE. Caso seja, então o problema não é nas inscrições. Agora se estiver diferente, terá que fazer o pedido de exclusão para o CNPJ/CEI errado e enviar a GFIP par o certo.
Segunda hipótese, dois PIS, bom, peça para o funcionário que está sendo desligado uma print de algum dos contratos anteriores na carteira de trabalho digital dele, lá poderá ver qual era o PIS nas contratações anteriores, confronte com que está cadastrado no seu sistema. Se estiverem divergentes, use a RDT no conectividade social para retificar o PIS, depois consulte o extrato do trabalhador para verificar se deu certo. Outras maneiras de obter o PIS:
*Consultar no site Dataprev
*Solicitar o trabalhador a ficha de cadastro no Meu INSS
*Solicitar que ele vá na Caixa Econômica verificar se existe mais de um PIS e qual está ativo
Quem souber outras maneiras de descobrir o PIS duplicado, compartilhe aqui.