Individualização FGTS

Bom dia 

Estou em duvida em relação a uma individualização de FGTS.

Estava realizando a individualização das parcelas do FGTS de uma empresa, eles realizavam o pagamento, traziam o recibo e era distribuído para os funcionários daquele período. Porém um funcionário entrou com uma ação contra a empresa, então foi realizado as guias individuais para pagamento somente daquele funcionário.

Minha duvida é, algumas guias já foram realizadas a individualização porém não entraram na conta dos funcionários, se eu realizar a individualização novamente vai constar o funcionário que entrou com a ação, e ele irá receber o valor duas vezes, e se não colocar, o valor pago na parcela não irá bater. 

Como devo proceder? 

Obrigado