MEI - Prestação de serviços / Questões trabalhistas

Boa tarde!

Minha esposa foi "contratada" e após o ocorrido foi lhe dito que a mesma deveria abrir uma empresa (MEI) a qual eu mesmo fiz abertura solicitando a viabilidade (todos os processos necessários) a mesma veio emitindo notas fiscais pelos serviços.

A minha duvida está na questão dela estar trabalhando com horário fixo / jornada de trabalho de 6hrs diárias (segunda a sexta-feira) durante esse período ela engravidou. Cabe algum processo trabalhista contra a prefeitura de meu município? ( sem contar os pagamentos em atraso, se considerarmos que como ela está atuando como funcionária, deveria receber no 5º dia útil mas o mesmo só ocorre por volta dos dias 16 a 20 do mês subsequente ao trabalhado 

Tendo ao meu ver gerado vinculo empregatício pelo horário de trabalho determinado e subordinação a diretoria da escola municipal que seria o local de trabalho

Desde já agradeço a atenção! E me desculpem se cometi algum equivoco em minhas palavras. 

Boa tarde,

Pelo MEI ela receberá apenas um salário mínimo de licença maternidade. 

Se comprovado os requisitos que determinem uma relação de empregado e não de trabalho, ela terá todos os direitos de um empregado CLTista como 13º, féris, FGTS e aviso prévio.

Porém vale lembrar do Art. 114 Resolução CGSN n° 140/2018.

Muito obrigado! Pelos esclarecimentos.