recolhimento FGTS e INSS de funcionário com auxilio doença

Pessoal, bom dia!
 
Estou com uma funcionária que teve trombose, ela foi afastadade abril a agosto, retornando no mês 09. Foi solicitado o auxílio-doença no mês
04, porém como a perícia só ocorreu em 28 setembro, foi concedido o auxílio
referente ao período de abril a junho, porém as folhas de julho e agosto foram
geradas e ela estava constando como afastada, não recolhendo os encargos. O
INSS e FGTS dos demais funcionários já foram recolhidos.
A empresa pagava o valor do salário a funcionária, pois elaestava afastada e precisava sobreviver, mas no sistema ela estava constando
como afastada, não gerando cálculo algum, nem recolhendo os encargos.
A empresa irá recolher os encargos, do período que aprevidência não aceitou.
 
Minhas dúvidas!
Como faço para gerar uma retificadora da DCTFWEB pararecolher esse valor dos meses de 07 e 08 sem implicar no valor já recolhido dos
demais funcionários?
Fazendo  essaretificação, gera alguma multa referente a DCTFWEB?
Devo fazer uma GFIP recolhendo o FGTS específico dessafuncionária? Caso sim, isso pode gerar alguma divergência com o valor recolhido
dos demais funcionários?
 
Desde já agradeço a ajuda de vocês!

Deverá ser retificado o retorno dela, retificando também as folhas acima mencionadas.
Como terá diferença, no DCTFWeb tem a opção de abater pagamentos anteriores, ficando a pagar somente a parte da funcionária.
No FGTS, nos demais funcionários será enviado na modalidade 9 somente a funcionária na modalidade 0 para recolhimento.

Fllávia Pereira Brandão, muito obrigada pela explicação!  Flávia Pereira Brandão