Raphaela Silva Hosken, boa tarde.
Se o pagamento já aconteceu, não tem mais nada que possa ser feito nesta folha.
A minha solução seria informar a situação aos funcionários e esclarecer que o desconto não realizado nesta competência será realizado na competência seguinte, ficando assim 2 descontos de 6% na folha do mês que vem. Seria interessante, realizar o desconto em rubricas separadas, para ficar visualmente mais fácil para o colaborador.
O crédito inserido no cartão dos funcionário não pode ser deixado de ser realizado, uma vez que o funcionário não pode ser penalizado por um erro que não cometeu.
Apesar de toda essa sugestão de solução que estou te dando, ainda assim seria de suma importância consultar a área jurídica da empresa.
"Nas horas difíceis, jamais baixe a cabeça, porque a solução para o problema não está no chão, mas sim na sua determinação."