Bom dia Priscila, passei por um caso semelhante semana passada.
Resolvi através da SEFIP, reabrindo o movimento de setembro, alocando os outros funcionários pra a modalidade 9 - Confirmação de informações anteriores, e este que estava com problema deixei na Branco - Recolhimento ao FGTS e Declaração a Previdência.
Feito isso, você clica sobre o funcionário, e na parte inferior vera a opção ''Nova Alteração Cadastral'',então acessa essa opção e basta preencher os dados e reenviar a SEFIP, claro que vai gerar uma nova guia de FGTS só deste funcionário, mas se já tiver sido paga a anterior, basta desconsiderar essa nova.
Código = 405
Conteúdo = Numero do PIS correto
Código Empresa = Você encontra no conectividade
Código Trabalhador = Você encontra no conectividade
Obs...
Talvez alocando todos para a modalidade 9 - Confirmação de informações anteriores, também funcione, no meu caso demorou 4 dias para o sistema efetivar a alteração.