Boa tarde,
A obrigação desse recolhimento não é da empresa, sim do próprio funcionário.
Aqui temos empresa assim, após o fechamento da folha, nós emitimos a guia complementar pelo SICALC com o código 1872 e enviamos para empresa fazer o pagamento. Por opção da empresa, prefere pagar a diferença da contribuição do que aumentar as horas de trabalho.
Se a empresa não quiser fazer o pagamento, seria interessante fazer um informativo, comunicando ao funcionário que, ele deve fazer a contribuição do valor restante, caso não realize, em caso de acidente/afastamento e/ou licença maternidade, ele não terá direitos, e solicitar que ele dê ciência disso.