Descontos em rescisão.

Boa noite, sou jovem aprendiz em uma empresa de telecobrança a 11 meses por contrato, o mesmo acaba no dia 15 de fevereiro. O trabalho é integrado junto ao CIEE, onde trabalho 3 dias e dois dias são de curso online. Quando iniciei na empresa, me foi informado que os dias de curso tbm contam como dia de trabalho, porém quando precisei faltar algumas vezes nunca foi descontado nada na minha folha de pagamento e apenas nas faltas injustificadas nos dias que eu deveria ir para a empresa. Então minha dúvida é: Esses valores que não foram descontados em folhas de pagamento, podem ser descontados na rescisão? Quem puder me ajudar, ficarei imensamente grata.