Registro de funcionários matriz e filial

Gostaria de ter um esclarecimento de como funciona o processo de registro de empregados entre matriz e filiais. Existe uma empresa que possui matriz e filiais com o mesmo nome, embora CNPJ e endereços diferentes. Minha dúvida é: no momento de registro dos empregados cada funcionário deve estar registrado na empresa onde trabalha, ou seja, os que trabalham na matriz registrados na matriz e os que trabalham na filial registrados na filial? Não poderia ser todos registrados na mesma empresa, sem separação? Como devo proceder?

Cada um deve ser registrado obrigatoriamente onde realmente presta o serviço.

Boa tarde Gustavo!! Muito obrigada. 

Aproveitando o ensejo, para regularizar o quadro, eu posso proceder com a transferência desses colaboradores da matriz para filial, ao invés de proceder com a recontratação ?

Claro, pode transferir. Transferência entre filiais é bem tranquilo.