Restrição de ponto

Bom dia!
Na empresa que trabalho o RH restringiu o ponto  e caso vc ultrapasse o limite de 5 minutos você tem que pedir autorização.
Informei a empresa que precisava ir ao médico que eu poderia ultrapassar o horário do meu almoço, pois era médico do SUS. Voltei duas hora depois,porém quando bati o ponto de retorno do almoço, ele deu uma mensagem de bloqueado  e eu confesso que não li, pois tinha muito serviço e voltei correndo. Porém o RH colocou o horário no qual eles me notificaram. saída para almoço 12h retornei as 14hs , ele colocaram 16hs e me informaram que irão descontar estas horas , ou seja, 3hs serão descontadas.
Informei que retornei as 14hs , inclusive fui no meu gestor e informei que eu tinha chegado também.

Isso está certo?

Caso não, como devo conversar com o RH?

Aguardo retorno.