EMPRESA AVISOU QUE A FUNCIONÁRIA SE AFASTOU POR DOENÇA APÓS 60 DIAS

O que eu faço neste caso?

Uma empresa me avisou hoje (14/06) que a x funcionária está afastada desde o mês 03 e me questionou referente ao desconto de inss.
O que eu faço? Eu tenho que retificar tudo e criar uma compensação do INSS pago para a funcionária?
Tem como eu gerar um crédito de INSS com o valor de salário que foi pago do mês 03 ao 06? 

Vai ter que retificar as folhas, gerando crédito de INSS ao qual você pedirá restituição via PERDCOMP.
Mesma coisa com o FGTS, terá de pedir devolução.

E se a empresa pagou o salário dela normal durante esse tempo, vai ter que deduzir da própria funcionária, via adiantamento nas próximas folhas quando ela voltar a ter saldo.

E também claro, tentar ainda agendar a perícia, pra ver se vai conseguir receber algo.

Não vai gerar multa, pois será apenas uma retificação de informação já apresentada no prazo.