TRANSFERENCIA DE FUNCIONARIOS

Bom dia, temos como cliente uma diocese da Igreja Católica com varias filiais, no entanto foi feito a criação de uma Diocese, onde parte dessas filiais fará parte da nova Diocese com CNPJ diferentes, a pergunta é quanto aos funcionários, será feito a transferência dos mesmos para o novo CNPJ ou basta apenas fazer alterações no cadastro das filiais alterando o numero da inscrição do CNPJ? qual procedimento correto, a transferência dos funcionários ou alteração no cadastro das filiais? 
Desde já agradeço.

Olá Cleunisce, quanto a alteração no cadastro das filiais não saberei te responder, já com relação à transferência você pode fazer sim normalmente, faz todas as anotações de transferência informando que os empregados foram transferidos de um CNPJ para o outro de mesma atividade e que todos os direitos adquiridos anteriormente foram mantidos. Espero ter ajudado!