Olá Adelita,
não entendi sua colocação, desconto por dia ou horas, o desconto deve ser exatamente a quantidade de horas que o funcionario faltou no dia.
Se ele faltou o dia inteiro, e você coloca no holerite o desconto discriminado como "Dias de falta", e agora quer mudar para a nomenclatura "Horas falta", se não impactar negativamente no resultado do desconto para o funcionário acredito que não vá ter problema em aplicar a todos funcionários ativos.
Agora se essa alteração impacte negativamente no recebimento do funcionário acredito não ser prudente esta alteração, mesmo que só para as proximas admissões, porque com o tempo causará disparidade de regras e pode ocasionar em discriminação, onde favorecerá uns e outros não.
De qualquer uma das duas formas, sugiro comunicar esta alteração por escrito a todos colaboradores.
Se entendi errado, peço mais detalhes para poder lhe auxiliar.