Olá Michele tudo bem???
Pelo que parece o funcionário excedeu sua jornada de trabalho devido a ida a um cliente, o que caracteriza hora extra, o correto seria após o término do atendimento neste cliente, ele bater o ponto e assim seguir para casa pois esse tempo de percurso até a sua residência se caracteriza hora in itinere, e essas não são contabilizadas na jornada de trabalho, pois elas correspondem ao tempo que esse colaborador precisou ter fora do seu expediente, neste caso deve-se alinhar com o funcionário as politicas de registro de ponto da empresa.
Devo lembrar ainda que, pela legislação é permitido o excedente de até 2 horas a mais de trabalho por dia, podendo esse excedente legal ser superado por motivos de força maior, ou casos de urgência, ou seja quando se há a necessidade da conclusão da atividade do trabalho naquele mesmo dia e tendo essa necessidade de exceder além do que é previsto, conforme art. 61 da CLT "...ocorrendo necessidade imperiosa, poderá a duração do trabalho exceder do limite legal ou convencionado, seja para fazer face a motivo de força maior, seja para atender à realização ou conclusão de serviços inadiáveis ou cuja inexecução possa acarretar prejuízo manifesto." e essas horas extraordinárias devem ser pagas com adicional mínimo de 50% como prevê a lei ou porcentagem prevista em convenção coletiva de trabalho da categoria.
Abraços!! :)