Divergência entre GFIP e GPS

Caros colegas de profissão, 

Em uma consulta de rotina, identifiquei divergências entre GFIP e SEFIP. A empresa estava devendo FGTS de diversos anos de vários funcionários. Por motivos de rescisão e falta de recursos, o pagamento foi feito individualmente. O INSS que também era devido, foi 100% parcelado e está sendo pago até hoje. Quando uma novata foi recalcular o FGTS dos últimos anos para pagamento, cometeu um erro (provavelmente não tenha usado a modalidade de confirmação de informação anterior) e acabou gerando divergência entre GFIP e GPS já pagas.  

Resumidamente: GPS foi paga através do parcelamento e está sendo cobrada novamente. 

Como proceder para eliminar essa divergência?  Devo retificar SEFIP? Excluir? 

OBS.: Não tenho os arquivos e nem BACKUP

Não está duplicando valor, não irá dar erro se não enviar como como confirmação, eu aqui não mando com essa opção em caso de atraso,   a SEFIP é sempre substituída, a não ser que os valores tenham sido alterados por algum motivo terá divergência, então não é esse o erro. O que você tem que fazer é verificar o valor das SEFIP com as GPS declaradas em parcelamento.