Vale transporte - Carro da empresa

Olá, 

Gostaria de saber se existe base legal para desconto de vale transporte em relação a funcionários que utilizam carro fornecido pela empresa.

Em suma, a empresa de manutenção fornece um veiculo para o funcionário se locomover até as áreas onde o serviço deve ser executado. Esse veiculo fica de responsabilidade do funcionário e pernoita na sua garagem.

Vale transporte é para a locomoção do funcionário até a empresa e vise versa. Note-se que as normas são claras: o vale-transporte deve ser destinado ao deslocamento do empregado em condução no sistema de transporte coletivo público. Este é o uso devido do benefício.

Agora, se é uma coisa indispensável para a execução do trabalho dele (como é o caso de entregadores ou caminhoneiros, vendedores), não faz sentido para mim a empresa realizar esse desconto. Tudo que for indispensável para a execução do serviço quem deve fornecer é a empresa, no âmbito material.

No meu entendimento, não é devido esse desconto. Me corrijam se eu estiver errada.

Também tenho essa duvida: o funcionário optou pelo recebimento do VT mas está com o carro da empresa - trabalhando fora da cidade, em viagem. A empresa deve creditar o VT mesmo assim, pelo fato dele ter optado? 
Pensei talvez eu fazer uma notificação informando  que não haverá credito do beneficio em virtude de a empresa disponibilizar o veículo para sua locomoção em determinado período. Isso é legal??

Boa tarde Heloisa.
O que rege a legislação:
O benefício do vale-transporte foi instituído pela Lei nº 7.418 de 16.12.85, e regulamentada pelo Decreto nº 92.180/85, revogado pelo de nº 95.247, de 17.11.87, e consiste em benefício que o empregador antecipará ao trabalhador para utilização efetiva em despesas de deslocamento residência-trabalho e vice-versa, por meio do sistema de transporte coletivo público, urbano ou intermunicipal e/ou interestadual com características semelhantes aos urbanos.
Analisando o contexto, você carregou X para ele utilizar para deslocamento casa x trabalho, se ele está com o carro da empresa, não estaria consumindo os créditos do vale transporte. No próximo mês, você analisa quantos créditos sobraram no cartão e apenas completa o necessário para o deslocamento no mês.
Caso o valor creditado seja menor que o 6% do desconto do salarios, você só pode descontar, no máximo, o valor que foi creditado.
Exemplo: comprei R$ 70,00 em crédito (para complementar o que faltava no cartão) e o desconto dos 6% seria de R$ 100,00. Neste caso o valor creditado é inferior ao 6%, então você só pode descontar R$ 70,00.

Att,